AMMOD

Die Biodiversität verändert sich kontinuierlich, insbesondere beeinflusst durch menschliches Handeln und das Klima. Dies kann zum momentanen Zeitpunkt nur lückenhaft, punktuell und manuell für einige Organismengruppen beobachtet werden, da kontinuierliche, automatisierte Monitoringstationen fehlen. Wir bauen Prototypen der „Wetterstation für Artenvielfalt“. Mit dem AMMOD-Projekt werden neuartige Techniken zusammengeführt und angepasst, um Artenvielfalt in Analogie zu Wetterstationen zu erfassen. Dafür werden die folgenden Technologien eingesetzt:

• Automatische Beprobung von Fluginsekten, Pollen und Sporen für die Bestimmung mit DNA Barcoding (mit Hilfe von Metabarcoding, z.B. Pollenmetabarcoding)

• Automatische Bilderkennung von Vögeln, nachtaktiver Insekten („Mottenscanner“) und Säugetieren

• Automatische bioakustische Bestimmung (von Vögeln, Fledermäusen, Grillen etc.)

• Automatische Analyse der Düfte in der Landschaft („smellscapes“)

• Entwickung von Datenflüssen, Datenarchivierung, Datenzugängen, Visualisierungen, Analyseverfahren

Dabei analysieren wir Windpollen mit Hilfe von automatisierten Windpollenfallen, ferner untersuchen wir die Pflanzenspuren in den Malaisefallen, um zu identifizieren, zu welchen Jahreszeiten welche Insekten welche Pflanzen besuchen. Die Analysen erfolgen mit Hilfe von DNA-Metabarcoding-Methoden und NGS-Sequenzierung.

Kolter A, Gemeinholzer B (2020): Plant DNA barcoding necessitates marker-specific efforts to establish more comprehensive reference databases, Genome https://doi.org/10.1139/gen-2019-0198

Keller A, Hohlfeld S, Kolter A, Schultz J, Gemeinholzer B, Ankenbrand M (2020): BCdatabaser: on-the-fly reference database creation for (meta-)barcoding, Bioinformatics, btz960, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz960

Swenson SJ, Wissemann V, Gemeinholzer B (2016): Developing Standards for Pollen Metabarcoding, Barcode Bulletin 7(4): 2-4.